制藥廢水可以采用兩種分類方法，一是結合生產工藝進行劃分，二是結合制藥工業水污染物排放標準進行劃分。

這兩種劃分方法相輔相成，按照生產工藝可劃分為冷卻廢水、生產廢水、沖洗廢水以及再生廢水等；按照排放標準，劃分為發酵類廢水、提取類廢水、化學廢水以及生物廢水等。

其中，發酵類廢水成分復雜，具有毒性，具含有浮物、高酸堿值、總碳等污染物質；化學合成類廢水中含有重金屬、氯仿等有機溶劑，同時也具有總碳、高酸堿值、懸浮物以及***等污染物質；提取類廢水與發酵類廢水危害近似；中藥類廢水具有有機/ 無機物濃度高、沉降性較低、可生化性較高的特點。