廢水蒸發器在運行的過程中要精心的操作以及嚴格的控制，在一定程度上注意監測蒸發器各部位的運行情況以及規定的指標，通常情況下，其操作人員會按照其規定的時間間隔檢查調整蒸發器的運行情況，并如實做好操作啟示。

廢水蒸發器操作時，當裝置處于其穩定的運行狀態下，千萬不要輕易變動性能參數，不然就會使得裝置處于不平衡的狀態，并且需要花費一定的時間來進行調整，這樣就可以達到平緩，這樣就會直接造成其生產的損失或者是出現其更壞的影響。

廢水蒸發器的控制蒸發裝置的液位的關鍵，其目的是使裝置平行平穩，從一效到另一效的流量更趨合理、恒定。這樣就可以控制液位也能避免泵的汽蝕現象，大多數泵輸送的是沸騰液體，所以不可發生“汽蝕”的危險。只有控制好液位，才能保證泵的使用壽命。

廢水蒸發器會按照其規定的時間檢查其控制室儀表和現場儀表讀數，如超出規定，應迅速查找原因。如果蒸發料液為腐蝕性溶液，應注意檢查視鏡玻璃，防止腐蝕。一旦視鏡玻璃腐蝕嚴重，當液面傳感器發生故障時，會造成危險。